王李贞不愿坐视李唐覆灭、女主篡国，先后举兵起兵，试图武力匡复社稷、推翻武氏专政。但宗室起兵仓促、兵力孱弱、互不统属，很快被朝廷大军尽数镇压，二王兵败身死、宗族覆灭。
此次起兵彻底引爆了武则天对李唐宗室的清算屠戮。韩王李元嘉、鲁王李灵夔、霍王李元轨、纪王李慎等一众李唐宗室亲王，以及江*都王李绪、黄国公李撰、常乐公主等宗室贵戚，尽数被罗织谋反罪名，或被逼自尽、或当众处斩、或流放途中惨死，牵连宗室子弟、门阀勋贵数以万计，李唐宗室几乎被屠戮殆尽，李氏皇权根基遭受毁灭性打击。
载初元年（690年），武周代唐的舆论与时机已然完全成熟。侍御史傅游艺率先率领关中九百余名百姓诣阙上表，恳请武则天顺应天命、登基称帝、改朝换代。
在武氏势力的主导裹挟之下，文武百官、李氏宗室、外戚勋贵、四方蛮夷酋长，乃至僧尼道士、市井百姓，纷纷接连上表劝进，朝野上下皆是拥戴女皇称帝之声。
身处风口浪尖、身为李唐象征的李旦，深知大势不可逆、反抗即是覆灭。为保全自身、避免宗室再度遭难，他迫于朝野大势，主动上表恳请武则天登基称帝，同时自请赐姓武氏，主动剥离李唐皇室身份，向武周政权彻底臣服。
天授元年九月壬午日（690年10月16日），武则天正式登基称帝，废除李唐国号，建立武周王朝，定都洛阳，开启了十五年的女皇统治时代。
李旦随之被废去帝位，降为皇嗣，复旧名李轮，正式赐姓武氏，史称“武轮”。他从当朝天子沦为武周皇嗣，迁居东宫居住，日常起居、礼仪规制全部比照皇太子标准，唯独无储君实权、无参政资格。其嫡长子、原皇太子李成器，亦随之降封为皇孙。
自此，李旦开启了长达十余年艰难凶险的皇嗣生涯。他身为前朝帝王、李唐正统象征，是武周政权最大的潜在威胁，自然而然成为武氏诸王、朝中酷吏集团的重点攻击与构陷目标，终日身处猜忌、构陷、迫害的阴影之中，步步惊心、如履薄冰。
天授二年（691年），储位之争再度爆发。魏王武承嗣觊觎储君之位多年，意图取代李旦、成为武周正统储君。其亲信张嘉福暗中唆使洛阳百姓王庆之，纠集数百名市井民众集结宫阙之前，联名上书朝廷，以“神不歆非类，民不祀非族”为由，声称皇嗣李氏非武周正统，恳请武则天废黜李旦皇嗣身份，改立武承嗣为皇太子。
朝堂之上，宰相岑长倩、格辅元秉持公道、恪守正统，坚决反
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