禁于深宫之中，明令禁止他参与朝政、接见朝臣、参议国事。
彼时的李旦，名为大唐天子，实为深宫囚徒。他不仅无法随意踏出宫城半步，即便在皇宫之内，行动举止亦处处受限、受人监视，一言一行皆在武则天的掌控之中，彻底沦为朝堂摆设、傀儡帝王。
就在李旦幽居深宫、形同虚设之际，扬州爆发大规模叛乱。英国公徐敬业感念武则天废帝专政、把持朝纲、祸乱李唐社稷，以“匡复庐陵王、讨伐武氏”为旗号，在扬州起兵举义，一时东南震动、四方响应。
时任辅政宰相裴炎，忠于李唐正统，借机劝谏武则天，恳请其顺应民心、归政于皇帝李旦，还政李氏、安定朝野。此举彻底触怒了权欲滔天的武则天，她当即罗织谋反罪名，将裴炎下狱处斩，肃清朝堂忠直之臣。随后朝廷调集三十万大军奔赴江南，重兵镇压扬州叛乱，徐敬业兵败身死，轰轰烈烈的匡复之役转瞬覆灭。
垂拱二年（686年）正月，武则天集权之势已然稳固，为博取归政美名、试探朝野人心与李旦心志，特意下诏宣称要归政于皇帝。
深谙朝堂凶险、看透母后心性的李旦，心知这绝非真心禅让，而是一场试探与圈套。他清楚知晓，此时自己毫无根基、无权无势，一旦贸然接受归政，必将招致武则天猜忌，落得和兄长李显一样被废流放、甚至身死的下场。
为保全自身、安定朝局，李旦数次上表辞让，言辞恳切、态度坚决，极力恳请武则天继续临朝理政、总揽乾坤。武则天见状顺水推舟，坦然“应允”其请，名正言顺地继续临朝称制、独掌大唐权柄，李旦则继续维持着傀儡帝王的处境，低调蛰伏、避祸自保。
垂拱四年（688年），武则天称帝造势之势愈演愈烈。其侄武承嗣为讨好女皇、制造天命祥瑞，刻意伪造神迹，命人凿刻一块白石，上书“圣母临人，永昌帝业”八字，谎称是于洛水之中天然所得的祥瑞宝石，敬献武则天。
武则天得此“祥瑞”大喜过望，将白石定名“宝图”，后改封为“天授圣图”，大肆宣扬天命归己、女主称帝乃是天意，并为自己加尊号圣母神皇，一步步突破礼制、铺垫称帝之路。
身为当朝皇帝的李旦，目睹武氏造势、李唐社稷日渐倾覆，却无力阻拦、无从抗衡。他只能遵从武则天的旨意，陪同母后亲赴洛水，出席盛大的拜洛受图大典，全程配合这场改朝换代的政治作秀，默默隐忍所有屈辱与无奈。
祥瑞造势之后，武则天加快了清算李唐宗室的步伐。琅琊王李冲、越
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