对随意废立皇嗣、动摇国本，直言此举违背礼制、祸乱朝纲。武承嗣恼羞成怒，随即罗织谋反罪名，将两位宰相下狱诛杀，朝堂忠义之臣再度蒙难。
危急关头，凤阁侍郎李昭德挺身而出，当庭杖毙闹事首恶王庆之，同时恳切劝谏武则天，剖析立侄立子的利弊、朝堂安稳的关键，极力保全李旦皇嗣之位，方才暂时平息这场废储风波，让李旦躲过一劫。
即便得以保全身份，李旦的处境依旧尴尬凶险。武则天在万象神宫举行皇家祭祀大典时，公然打破“皇太子为亚献”的千年礼制，刻意避开皇嗣李旦，改由武承嗣担任亚献、武三思担任终献，公开抬升武氏子弟地位、打压李旦，变相宣告武周储位归属武氏，彻底架空李旦的皇嗣名分。
长寿二年（693年），一场后宫构陷再度将李旦推向绝境。武则天身边宠婢韦团儿，依仗女皇宠信、骄纵跋扈，暗中爱慕皇嗣李旦，屡次主动引诱示好，皆被品性端正的李旦严词拒绝。
求爱被拒、心生怨恨的韦团儿，怀恨在心、蓄意报复，暗中诬告李旦的正妃刘氏、德妃窦氏，捏造二人行巫蛊之术、诅咒武则天早逝的罪名。晚年多疑的武则天不查真伪、震怒不已，即刻下旨将刘妃、窦氏秘密带入宫中处死，尸骨隐秘埋于深宫，不留踪迹。
一朝痛失两位挚爱妃嫔，且尸骨无存、无从祭奠，李旦心中悲痛彻骨、悲愤难当，却深知自己身处险境、毫无反抗之力。为保全性命、不引祸上身，他强忍丧妻之痛，在武则天面前神色淡然、泰然自若，装作无事发生，从未提及两位妃子失踪惨死之事，以此隐忍蛰伏、打消女皇猜忌。
韦团儿构陷得逞后，野心愈发膨胀，意图继续罗织罪名、加害李旦，彻底拔除李唐皇嗣势力。所幸其险恶用心很快被宫中之人告发，武则天查清真相，诛杀韦团儿，这场祸乱才得以中止。
风波过后，武则天对李旦的猜忌愈发深重，处处设防、严加管控。尚方监裴匪躬、内常侍范云仙，只因感念旧恩、私下入宫谒见慰问李旦，便被武则天以私通皇嗣、图谋不轨的罪名直接处斩。经此一事，武则天彻底剥夺了李旦接见公卿百官、接触朝堂官员的所有权限，将其彻底孤立于朝堂之外，杜绝其培植势力、联络旧臣的可能。
数年之后，针对李旦的构陷再度袭来。朝中酷吏集团刻意诬告李旦暗中勾结东宫僚属、意图谋反作乱。武则天命当时以酷刑罗织罪名闻名的酷吏来俊臣全权审理此案。
来俊臣秉承上意、肆意罗织，对东宫所有属官、侍从严刑逼供，
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