百般拷打，逼迫众人招认“皇嗣谋反”的虚假供词，意图坐实罪名、置李旦于死地。
刑场之上、百官噤声、无人敢言，所有人都知晓这是酷吏构陷、冤屈滔天，却无人敢挺身而出、仗义直言。危急时刻，东宫乐工安金藏刚烈忠勇、誓死明志，当众持刀剖腹，以自残惨烈之举当众高呼：“皇嗣从未谋反！若不信臣言，愿剖心明志，以证皇嗣清白！”
惨烈一幕震惊全场、撼动朝野，也彻底触动了武则天。目睹安金藏以性命担保李旦忠诚不二，武则天终于心生触动、幡然醒悟，不再猜忌李旦，当即下令来俊臣停止审讯、释放所有东宫人员。李旦凭借忠士以命相护，再度躲过灭顶之灾。
圣历元年（698年），武则天晚年储位抉择尘埃落定。名臣狄仁杰、王方庆等忠心大臣屡次劝谏，剖析母子姑侄、江山社稷的利弊，力劝武则天还政李氏、复立皇子。武则天思虑多年、权衡利弊后，最终决意舍弃立侄之心，传位李唐。
朝廷派遣使臣赶赴房州，秘密召回流放十四年的庐陵王李显。此时储位空悬、朝野瞩目，身为皇嗣的李旦，本可顺势争储、重登东宫之位。但他看透朝堂纷争、厌倦权力倾轧，深知李显为长、民心所向，且自己常年蛰伏、无意争权，遂数次称病不朝，坚决辞让储君之位，恳请武则天复立兄长李显为皇太子。
同年九月壬申日（10月24日），武则天顺应人心、听从劝谏，正式复立李显为皇太子，彻底敲定还政李氏的大局。李旦的主动退让，不仅保全了兄弟和睦、朝堂安稳，更彻底消解了武则天的猜忌，让自己彻底远离储位纷争、跳出权力漩涡。
圣历二年（699年），武则天感念李旦多年恭顺隐忍、主动辞储、顾全大局，下诏恢复其相王爵位，同时将其姓名从武轮改回李旦，归还李氏宗籍。随后任命其兼领太子右卫率，后又遥领安北大都护，重新给予皇室显贵礼遇。
为调和李、武两大集团数十年的对立矛盾、避免死后宗族相残，武则天召集李氏、武氏子弟齐聚明堂，举行明堂盟誓大典，命两族子弟立誓世代和睦、互不倾轧、共保社稷。李旦以李氏核心宗室的身份，与太子李显、太平公主一同参与盟誓，成为维系李武平衡的关键人物。