安宫室残破焚毁、尚未修缮完工、无法安居帝王为由，强行阻拦车驾，将僖宗一行滞留凤翔，不许前行，天子再度被藩镇变相软禁。
滞留凤翔数月，君臣动弹不得。直至六月，朝廷扈驾的天威军士卒与李昌符麾下镇兵因摩擦积怨，矛盾彻底爆发，两军当众对峙、聚众火拼，兵戈相向、死伤无数。冲突彻底激化后，李昌符索性撕破脸面，悍然出兵围攻僖宗临时行宫，意图再次劫持天子、掌控朝政。
危急关头，扈驾禁军拼死护驾、奋力反击，大败李昌符叛军。李昌符兵败势穷、自知罪责难逃，仓皇弃城出逃，奔往陇州。僖宗随即下诏，命扈驾都将李茂贞率军追击讨伐，穷追残寇、肃清叛乱。七月，李茂贞大破残军，擒获李昌符并将其斩首，凤翔之乱彻底平定，阻碍天子回京的最后一股藩镇势力被剿灭。
数年之间，两度弃京奔逃、屡遭兵祸胁迫、屡见杀戮动荡、日日惊惧不安的颠沛生涯，彻底摧垮了唐僖宗原本孱弱的身心。常年流离惊恐、忧惧郁结、饮食不调、寝食难安，加之目睹江山破碎、生灵涂炭、社稷倾颓的无尽悲怆，年仅二十余岁的僖宗身心俱疲、百病缠身，身体彻底垮塌。
光启四年（888年）二月，缠绵病榻、体弱多病的唐僖宗，拖着残破病躯，终于再度踏入满目疮痍的长安皇城。回京之后，他强撑病体，依礼拜谒李唐太庙，告慰列祖列宗，随后颁行大赦天下诏书，改元文德，意欲更新朝政、祈盼天下安宁，为满目疮痍的王朝求得一丝生机。
奈何天命已尽、大势难回。仅仅一月之后，文德元年（888年）三月三日，久病虚弱的僖宗突发暴疾，病情骤然危重、药石无医。
文德元年三月六日，历经半生嬉乐、数年颠沛流离、亲眼见证大唐由崩坏走向覆灭深渊的唐僖宗李儇，崩于长安皇宫武德殿，年仅二十七岁。
纵观其一生，少年即位、耽于嬉乐、委政宦官，亲手酿成黄巢大乱、天下分裂，半生漂泊、数次弃京逃难，一生昏聩、终致国势倾颓。所幸乱世流离之中，他终究得以叶落归根，是晚唐乱世中少数崩于京师正殿、寿终皇宫的帝王，未曾殒命荒野、未死流亡途中。同年十二月，唐僖宗归葬靖陵，陵寝坐落于今陕西乾县铁佛镇南陵村，这位葬送大唐盛世、开启五代乱世的末代昏君，最终归于黄土，而风雨飘摇、名存实亡的大唐王朝，也自此步入最后的残烛余晖，覆灭之日已然不远。