拓跋珪迁都平城后，立即着手文化制度建设：他"营宫室，建宗庙，立社稷"，仿照汉制建立太庙、天坛、地坛等祭祀体系；制定郊庙、社稷、朝觐、飨宴等礼仪，"皆依古礼，参以汉仪"；又仿汉人制度建立太学，"置五经博士，增生员三千人"，并在太学举行祭奠孔子的活动，"亲祀孔子以太牢"。天兴二年（399年），他接受汉人李先的建议，"诏有司，访求天下遗书"，"阙所深知者，皆注姓名"，编成《众文经》藏于宫中，"以备顾问"。这些举措，标志着北魏政权开始主动吸纳儒家文化，试图以"中华正统"自居。
北魏拓跋统治者向中原扩张之初，就注意任用汉人，利用他们的统治经验治理国家。拓跋珪在领军征伐途中，"留心慰纳"，"诸士大夫诣军门者，无少长，皆引入赐见"，"存问周至，人得自尽"，凡有才能者，"咸蒙叙用"。他重用汉人谋士张衮、许谦、崔宏等，"参与军国大谋"，"宪章故实，多所裁定"。拓跋珪之子明元帝拓跋嗣即位后，于神瑞二年（415年）将国子太学改为中书学，"置博士、助教，选郡国中清修之士以充之"。中书学由中央直接管辖，地位崇高，"生员多至数千人"，"其制甚备"，一直延续到孝文帝太和年间。这所最高学府容纳了各类人才：精通儒学的知识分子、懂得治国的政治家、政绩卓著的良吏、号为忠义的功臣、文武双全的将领、北方各地的大族子弟、南朝降人等，成为北魏培养统治精英的重要基地。
然而，北魏前期的汉化进程并非一帆风顺。拓跋统治者虽然任用汉人，但内心深处对他们并不十分信任，民族壁垒依然森严。这种猜忌心理，往往因细故触发，酿成惨剧。
清河人崔逞，为北方名士，"少好学，有文才"，北魏初年被拓跋珪任用为御史中丞。天兴二年（399年），东晋将领郗恢遣使通好，拓跋珪命崔逞代写回信。崔逞因东晋使者为襄阳戍将，便在信中称东晋皇帝为"贵主"——本是对藩属之君的得体称呼，却触怒拓跋珪。他认为崔逞"贬我主而尊彼君"，"失君臣之体"，遂将崔逞赐死。这一事件反映出拓跋统治者对汉人士大夫的深刻不信任，以及其政治文化理解的粗疏。
太武帝拓跋焘时期，这种猜忌变本加厉。汉人段晖，官至给事中，因"于马鞍中藏金"，被怀疑欲投奔南朝而被处死。段晖之死，纯属捕风捉影，却无人敢为其辩白。更为惨烈的是"国史之狱"：汉人崔浩，字伯渊，清河崔氏子弟，"少好文学，博览经史"，历仕道武、明元、太武三朝，"谋策
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