郅寿更是搬出王莽篡汉的旧事，告诫众人，若放任外戚专权，必将重蹈覆辙，汉室江山危在旦夕。然而，郅寿的忠直之言，不仅未能撼动窦宪分毫，反而为自己招来杀身之祸。窦宪恼羞成怒，捏造罪名诬陷郅寿，最终逼迫郅寿含冤自尽。
永元三年（91年）十月，刘肇车驾行幸长安。抵达长安后，刘肇下诏，寻访汉高帝刘邦时期的开国功臣萧何、曹参的近亲后裔，下令让他们继承先祖的封地爵位。此举意在向群臣传递信号，希望众臣能够效仿萧何、曹参，忠心耿耿辅佐汉室，匡扶社稷。与此同时，刘肇诏令身在洛阳的窦宪赶赴长安伴驾。窦宪抵达长安后，其党羽为讨好他，竟私下议论，欲在拜见窦宪时高呼“万岁”。此事被尚书韩棱得知，他怒不可遏，厉声斥责道：“礼无人臣称万岁之制！”一番话，义正词严，方才止住了这场谄媚的闹剧。同年十一月，刘肇前往汉高祖刘邦等西汉十一帝的陵寝，举行隆重的祭祀大典，以告慰先祖。十二月，西域传来捷报，班超率领将士，成功制服了西域的龟兹、姑墨、温宿等国，西域诸国再度归附大汉。刘肇闻报大喜，当即下令复置西域都护府，任命班超为西域都护，全权处理西域事务。同时，册封随行入朝的龟兹国侍子白霸为王，并派遣使者护送他返回龟兹国，继承王位，以稳定西域局势。
同年十二月，刘肇结束了在长安的行程，率领文武百官返回京师洛阳。此时的朝堂，窦氏势力已然盘根错节，窦宪更是权倾朝野，其心腹党羽遍布朝野内外。窦宪以邓叠、郭璜二人为心腹，二人倚仗窦宪的权势，在朝中横行无忌。永元四年（92年），章德太后下诏，册封邓叠为穰侯，恩宠有加。邓叠得势后，与其弟弟邓磊、母亲邓夫人，以及郭璜、郭举父子相互勾结，形成了一个庞大的利益集团。其中，邓夫人与章德太后交情深厚，时常出入宫廷；郭璜则在章德太后所居的长乐宫中任职，深得太后信任；其子郭举更是依仗这层关系，时常入宫觐见太后，竟深得太后宠幸。
权势熏天的他们，渐渐滋生了谋反之心，暗中共同策划，企图杀害汉和帝刘肇，夺取汉室江山。彼时的刘肇，虽年轻，却早已洞悉窦氏的野心，他在深宫之中，暗中留意窦氏一党的一举一动，最终探知了他们的阴谋。危急存亡之际，刘肇想到了自己的兄长——清河王刘庆。刘庆与刘肇自幼便十分亲近，虽曾被废黜太子之位，但刘肇继位后，对他恩遇有加，时常召他入宫，二人得以经常出入宫廷，有时甚至留宿宫中，私下商议诸多事宜。
刘肇决意先发制人，发动政变。
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