死刑，斩首示众。解决了窦宪的心腹党羽后，刘肇随即派遣谒者仆射，手持诏书前往窦宪府邸，收回窦宪的大将军印信与绶带，削去其兵权，将他改封为冠军侯。同时，下令将窦笃、窦景、窦瑰一并免去官职，与窦宪一同前往各自的封国。
念及章德太后的养育之恩，刘肇不忍将窦宪等人明正典刑，以免让太后颜面无存。但为了永绝后患，他特意选派严苛干练的官员前往各封国，担任宰相，监督窦宪等人的一举一动。待到确认窦宪、窦笃、窦景皆已抵达封国后，刘肇方才下令，勒令三人自尽。窦氏兄弟死后，窦瑰因平日里作恶较少，且对兄长的所作所为多有不满，得以幸免，最终被徙封为罗侯。
至此，刘肇凭借着过人的胆识与谋略，成功铲除了窦氏外戚势力，夺回了汉室政权。亲掌朝政之后，刘肇雷厉风行，立即着手清理窦氏残党余孽。凡是依仗窦家关系得以入朝为官者，无论官职高低，尽数被罢免官职，遣返回乡。经此一番整顿，朝堂之上的阴霾一扫而空，汉室江山重新焕发出勃勃生机。