除此之外，唐廷赐予杨行密一项专属至高特权——承制封拜，成为其割据立国、独立建制的核心保障。所谓承制封拜，即杨行密可自行草拟朝廷授官制书，先行分封提拔帐下立功将士、任免地方官吏，事后再向朝廷上表报备，拥有先封后奏、自主理政的极大权力。
唐廷明文下诏：“淮南、宣歙、湖南等道立功将士，听用都统牒承制迁补，然后表闻。”这项特权，让杨行密彻底脱离朝廷人事束缚，得以自主构建官僚体系、封赏功臣、笼络人心，等同于拥有半独立帝王之权。
为规范建制、彰显正统，同年十月，杨行密专门始建制敕院，专职负责草拟、颁发自制官制诏书。每逢封拜官员、任免将帅，必先告知朝廷使臣李俨，在紫极宫唐玄宗圣像前陈列制书、行跪拜大礼，仪式完备后再正式颁布施行。这套规制，让南吴政权的官僚体系、封赏制度完全成型，政权合法性、规范性大幅提升。
历经数十年拓土建制、励精图治，杨行密以扬州为都城，疆域辽阔、兵强马壮、臣僚齐备、制度完善，南吴政权已然成型、雄踞东南。但盛世之下，隐患暗藏、危机丛生，杨行密晚年，政权内部的藩镇骄横、功臣坐大、地方割据的致命隐患彻底爆发，为南吴日后权臣专政、宗室傀儡埋下深重祸根。
彼时南吴境内三大核心将领、镇守一方的封疆大吏，已然功高震主、渐生异心，成为中央最大威胁：宁国节度使田頵镇守宣州、根基深厚、功高自负；润州团练使安仁义掌控长江天险、治军严明、深得军心；寿州团练使朱延寿身为外戚、镇守北疆、手握重兵、毗邻后梁。三人均手握重兵、割据重镇，既能制衡外敌，亦可倾覆中枢，对扬州中央权威形成直接威胁。
天复二年（902年）四月，杨行密借助田頵兵力，剿灭继承张雄势力、割据昇州的冯弘铎，彻底稳固江南局势。平叛之后，自恃功高的田頵赶赴扬州求赏，想要兼领池、歙二州属地、扩张个人势力。
彼时扬州朝堂风气败坏、贿赂成风，自近臣至狱吏皆私相请托、索要贿赂，刚正自傲、居功自矜的田頵对此深恶痛绝、心生不满。加之杨行密拒绝其兼领二州的请求，田頵彻底失望、怨气滔天，离扬之时直指城南水门愤然放言：“此门不复经入矣！” 公然表露决裂反意。
同年十二月，田頵擅自出兵攻打吴越钱镠、私启战端，钱镠遣使向杨行密求援。杨行密以撤换其宁国节度使职位相要挟，强行勒令田頵撤兵，君臣矛盾彻底公开化、不可调和。
镇守润州的安仁义
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