其食邑增至一千五百户，恩遇愈发隆重。
然大唐颓势已然难挽，藩镇割据、将帅擅权、权臣乱政的局面积重难返。十二月，河中、太原兵马逼近京畿，长安再度面临兵锋威胁，朝堂震荡、人心惶惶，唐僖宗无力御敌，只能再度放弃长安，仓皇移驾逃往凤翔避难，关中局势再度崩坏。
光启二年（886年）春，天下乱象愈演愈烈，秦宗权势力达到顶峰，寇掠之举愈发猖狂暴虐。彼时李唐皇室权威彻底崩塌，中央兵权旁落，天下诸道、诸州藩镇各自拥兵自重，大多不听从朝廷调遣，朝廷无兵无势、形同虚设，根本无力节制四方叛逆。
秦宗权借此乱世良机，肆意纵横中原、无人可制，大军接连攻陷汝州、洛州、怀州、孟州、唐州、邓州、许州、郑州等中原重镇。其军残暴无道，所到之处屠戮百姓、焚毁屋舍、劫掠一空，方圆数千里土地荒芜、人烟断绝、城郭为墟，千里中原几乎沦为无人区。偌大关东大地，唯有宋州、亳州、滑州、颍州数城，凭借城防坚固、守军死战，得以闭城固守、勉强自保。
作为中原屏障的朱温，常年领兵四处驰援、转战各地，独力抗衡秦宗权数十万大军。连年苦战之下，战事胜负无常、互有攻守，时而大胜破贼，时而疲于败退。周遭州县百姓目睹战乱残酷，日夜惶恐不安，生怕朱温一旦战败，城池陷落，自己便会沦为秦宗权叛军屠戮劫掠的牺牲品，终日活在战火惊惧之中。
三月一日，朝廷为嘉奖朱温独撑中原、力抗巨寇的劳苦，再度下诏册封其为沛郡王。与此同时，中原藩镇再度生变，滑州义成军节度使安师儒治军无方、人心不附，麾下牙将发动兵变叛乱，推翻安师儒的统治，牙将张骁擅自自立，号称滑州留后，割据滑州作乱。
滑州地处汴州北面，地理位置至关重要，若落于乱臣之手，将直接威胁宣武军北侧安全。朱温当机立断，派遣心腹大将朱珍、李唐宾率军征讨滑州叛军。二将用兵迅猛，一战平定滑州之乱，诛杀乱党、收复滑州全境。战后朱温稳妥布局人事，任命亲信将领胡真为滑州留后，将滑州纳入自己的势力版图，进一步扩张宣武军的掌控范围。
同月，因关中战火不息、局势动荡，唐僖宗再度移驾，奔赴兴元府避难，帝王流离、国无宁日。十二月，朝廷再增朱温官爵，下诏加封其为检校太傅，改封吴兴郡王，食邑增至三千户，朱温的爵位、权势、食邑节节攀升，声望冠绝中原。
光启三年（887年）春二月一日，朱温奉朝廷诏令，命心腹猛将朱珍担任淄州刺史，
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