中和四年（884年），黄巢经王满渡大败后主力尽丧，兵败奔逃，最终穷途末路，殒命于狼虎谷（今山东莱芜西南）。纵横天下十余年的黄巢起义就此彻底覆灭，大唐心腹大患暂时消解。但乱世并未止息，原本归降黄巢、盘踞蔡州的藩镇秦宗权，趁天下无主、中原空虚之机，全盘接手黄巢残余兵马与地盘，取代黄巢成为中原最凶悍的割据势力，自此祸乱关东各州。
秦宗权为人残暴嗜杀，治军毫无纲纪，纵容麾下兵马四面出寇、四处劫掠，肆意侵掠周边所有藩镇州县，所过之处烧杀屠掠、鸡犬不留，中原大地再度陷入战火浩劫。不久，秦宗权调集重兵大举围攻汴州，直指朱温的根基大本营。彼时朱温新平黄巢，兵马疲弊、城防初修，骤然遭遇秦宗权倾巢来攻，兵力悬殊、四面被围，局势岌岌可危，陷入开国以来最危急的生死困境。
危急存亡之际，朱温即刻遣使奔赴郓州，向天平节度使朱瑄紧急求援。朱瑄素知朱温勇武，亦深知唇亡齿寒、中原安危一体，当即不计利害，派遣麾下骁勇善战的从弟朱瑾率领精锐郓兖兵马星夜驰援汴州。联军合势，于合乡之地正面迎击秦宗权叛军，一举大破其围城主力，成功解除汴州危局，救下朱温与宣武军。
经此生死相救，朱温对朱瑄、朱瑾兄弟心怀莫大感激，为固结外援、稳固中原同盟，他主动与朱瑄结为异姓兄弟，彼此约为唇齿、守望相助，汴郓二镇就此结成稳固的军事同盟，成为朱温早期立足中原的重要依仗。
同年九月二日，唐廷感念朱温连年征战、屡破巨寇、保全中原藩镇的赫赫功勋，下旨就地加封朱温为检校司徒、同平章事，晋封沛郡侯，赐食邑一千户。此时的朱温，已兼具藩镇实权与宰辅虚名，正式跻身大唐高阶勋臣之列。
光启元年（885年）春，秦宗权休养兵马、恢复势力后，再度兴兵寇掠，派遣部众大举侵扰亳州、颍州二地，州县告急、百姓惶惶。朱温闻讯即刻整军，亲率宣武军主力驰援二州。大军疾驰至焦夷地界，与秦宗权劫掠的叛军主力正面遭遇。朱温督军猛攻，将士奋勇厮杀，一战斩杀敌军数千余人，大破贼兵主力，生擒敌军大将殷铁林。为震慑四方贼寇、警示叛逆，朱温下令将殷铁林斩首，悬首城门昭示军威，肃清边境匪患后，方才整师返回汴州。
历经数年流亡奔波，大唐朝廷局势稍有安定。同年三月，唐僖宗自蜀地启程返还长安，光复京师，改元光启，意在重整朝纲、平复乱世。四月十四日，朝廷再叙朱温前后战功，叠加恩宠，加封朱温为检校太保，将
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