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同年二月，瓦岗军的发展进入全新阶段。翟让虽是义军首领，为人宽厚大度、一心为公，他清醒认识到，李密出身关陇贵族，不仅精通军事谋略，更具备卓越的政治远见，在整合各方反隋势力、凝聚义军力量方面，拥有自己无法比拟的优势，唯有推举李密为首领，才能带领瓦岗军成就推翻隋朝暴政的大业。因此，翟让以反隋大局为重，摒弃个人权位得失，主动将瓦岗军的最高领导权让予李密。
李密就任统军元帅后，对义军进行全面整编，设立三司六卫，完善军队建制与官僚体系，正式建立起瓦岗军农民政权，国号定为“魏”，李密登基称魏公，改元永平，设官分职、整顿军纪。同时，李密发布讨伐隋廷的檄文，历数隋炀帝杨广弑父害民、穷兵黩武、苛政虐民的滔天罪状，号召天下百姓共同反抗隋朝暴政，檄文传遍中原各地，极大动摇了隋王朝的统治根基，整个中原地区为之震动，瓦岗军的政治影响力达到顶峰。
然而，盛极而衰的悲剧很快在瓦岗军上演。就在隋朝统治摇摇欲坠、覆灭在即，各地起义军即将联手推翻隋王朝的关键时刻，瓦岗军内部却爆发了惨烈的权力斗争，彻底葬送了这支义军的大好前程。李密虽然凭借才能坐上首领之位，却心胸狭隘、猜忌心极重，他始终忌惮翟让在瓦岗军中的崇高声望，以及其旧部的强大实力，担心自己的权位受到威胁，渐渐萌生了铲除翟让的歹念。
大业十三年十一月，李密精心策划一场鸿门宴，假意设宴款待翟让，实则在宴席上埋伏重兵，趁翟让毫无防备之际，下令将其残忍杀害，一同遇害的还有翟让的兄长翟宽、心腹部将王儒信等一众核心将领。这场突如其来的血腥内部清洗，让瓦岗军上下陷入巨大的恐慌之中，义军将士人人自危、人心惶惶，昔日并肩作战、同生共死的兄弟情谊荡然无存，全军上下离心离德、军心涣散，部队的凝聚力与战斗力遭到毁灭性削弱。曾经众志成城的瓦岗军，从此陷入内耗之中，一步步走向衰败。
大业十四年（618年）六月，失去军心、内部矛盾重重的瓦岗军，在洛阳之战中惨败于王世充率领的隋军。此战失利后，李密陷入进退维谷、众叛亲离的绝境，早已没有了当初的雄心壮志与担当，最终竟率领残部投降了隋朝皇泰帝杨侗。但李密野心不死、反复无常，不久后又叛隋归唐，被唐王朝封为邢国公，可他依旧不甘屈居人下，后来再次起兵反唐，最终事败被杀。
李密的猜忌多疑、反复无常与目光短浅，彻底摧毁了这支曾经叱咤风云、威震中原的农民起义
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