兵败西逃，刘裕重新迎立被废的晋安帝，以复国功臣的身份掌握了政治主动权。
晋义熙三年（407年），刘裕出任侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史，总揽东晋军政大权，成为朝廷的实际掌控者。为进一步提升威望、扩大疆域，刘裕接连发动对外征伐，史称"义熙北伐"。
第一次北伐：灭南燕（409—410年）
晋义熙五年（409年）四月，南燕皇帝慕容超屡次侵扰东晋边境，刘裕率军北伐。这是东晋南朝时期首次主动进攻北方政权。晋军一路北上，次年二月攻克南燕都城广固（今山东青州），俘获慕容超，将东晋势力范围拓展至青州一带。此战不仅扩大了疆域，更极大提升了刘裕的政治声望。
第二次征伐：平谯纵、收巴蜀（412—413年）
晋义熙八年（412年），刘裕派遣大将朱龄石率军攻入益州。谯纵原为东晋将领，于义熙元年（405年）据蜀称帝，建立西蜀政权，割据十余年。晋军克服蜀道艰险，次年攻克成都，谯纵自杀，巴蜀地区重归东晋版图。控制益州，使东晋获得了重要的战略后方与财赋来源。
第三次北伐：灭后秦（416—417年）
晋义熙十二年（416年），后秦皇帝姚兴去世，国内动荡，刘裕趁机率军大举北伐关中。这是东晋南朝时期规模最大、战果最辉煌的北伐。晋军分兵数路，一路势如破竹：龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率军自淮、肥向许、洛；新野太守朱超石、宁朔将军胡藩趋阳城；振武将军沈田子、建威将军傅弘之趋武关；刘裕亲率大军为后援。
次年，晋军先后占领洛阳、攻破潼关，八月直捣后秦都城长安，俘获后秦皇帝姚泓，一举灭亡后秦。刘裕抵达长安后，拜谒汉高祖刘邦陵庙，大会文武于未央殿，一时志得意满。然而，对刘裕而言，建立新朝、取代司马氏才是核心目标。当得知心腹重臣、留守建康的尚书左仆射刘穆之病逝后，他担心后方政局生变，于是留下年仅十二岁的次子刘义真镇守关中，自己匆忙赶回建康主持大局。
这一仓促决定导致严重后果。刘义真年少无知，又受制于诸将不和，夏主赫连勃勃趁机进攻，晋军大败，关中得而复失。义熙十四年（418年），刘义真只身逃回，名将王镇恶、沈田子、傅弘之、蒯恩等或死或俘，北伐成果未能完全巩固。尽管如此，灭后秦之役仍使刘裕的威望达到顶峰，代晋自立的条件日趋成熟。
晋义熙十四年十二月（419年1月），刘裕为消除
…。。