2005年9月，佘祥林与荆门市中级人民法院正式签订赔偿协议。
法院依法赔付：人身侵权赔偿金256900元，其中包含当年无名女尸的安葬费1100元。
同年10月，第二轮赔偿落地。
京山县公安局：
赔付佘祥林冤狱损失226000元；
赔付当年被无辜关押的佘祥林二哥4000元；
赔付因上访鸣冤、含恨病逝的佘母家属抚恤金22万元；
当地政府额外专项发放20万元生活困难补助金，帮佘家渡过难关、重启生活。
除此之外，当年两名敢于说真话、出具良心证明，却被非法关押的天门窑岭村村民，也全部平反追责、获得赔偿。
一名村民获赔22000元，另一名村民获赔3000元。
2005年4月，荆门市政法委成立专项调查组，全面彻查佘祥林冤案背后的所有办案人员，逐一追溯责任。
当年涉案的核心办案人员，早已全部升职加薪、身居高位。
专案组组长、原京山县公安局副局长韩烨，已调任京山县人民法院副院长；
专案组副组长、原刑警大队长卢成，已升任京山县公安局副局长；
专案组核心刑警何良，早已在2001年因肝癌病逝；
专案组核心刑警潘军，已升任京山县公安局巡警大队教导员。
调查组一声令下，所有在职涉案人员，全部立刻停职审查！
而这起冤案的背后，藏着一桩令人唏嘘的悲剧。
当年参与审讯办案的刑警潘军，在冤案曝光、全员追责之后，始终满心委屈、日夜煎熬。
他自认只是服从办案流程，却要背负千古骂名、承担冤案罪责，心理压力难以承受。
2005年5月25日，潘军独自前往武汉一处公共墓地。
绝望至极的他，用易拉罐金属片割破手腕，在墓碑之上，用血写下三个绝望大字：我冤枉。
随后，在墓园的树上，上吊自尽，结束了自己的一生。
最终，调查组开始追责：
本案办案人员存在刑讯逼供、玩忽职守、枉法办案重大违纪违法行为。
因核心办案刑警何良、潘军二人已经病逝，依法不再追究刑事责任；
免去韩烨京山县法院副院长一切职务，降职处分；
免去卢成京山县公安局副局长一切职务，降职处理
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