为总指挥部，调兵遣将、统筹谋划，稳步推进主线任务。
首当其冲的，是清剿南方闽、粤深山的割据残势。林渊点选原身旧部所率的三千玄甲轻骑，这支部队跟随他平西北、战沙场，个个骁勇善战，且精通山地、丛林作战；又令南方归降的将领率两千本地兵士为向导，熟悉深山的地形地貌、瘴气分布。他借助刚解锁的【大曜全疆域舆图】，精准标注出割据残势的隐匿巢穴、粮草囤积之地、必经关隘，又令靖王府暗卫潜入深山，打探残势的兵力部署、哨卡分布，做到知己知彼。
一切准备就绪，清剿之战正式打响。三千玄甲轻骑分作六队，在本地向导的带领下，昼伏夜出，潜入闽、粤深山。林渊将特种兵的战术思维融入作战计划，避实击虚、声东击西，先是派两队轻骑佯攻残势外围哨卡，吸引主力注意，再派四队轻骑绕至后方，以迅雷不及掩耳之势端掉其粮草囤积之地，断其补给。割据残势本就是乌合之众，无统一指挥，又失了粮草，瞬间军心大乱，四散奔逃。
玄甲轻骑乘胜追击，凡负隅顽抗、双手沾满百姓鲜血者，一律斩杀；凡放下武器、真心投降者，既往不咎，发放路费令其返乡务农。此战不扰百姓、不毁农田，仅用二十余日，便将闽、粤深山的两处割据残势彻底清剿，山匪四散奔逃，南方州县恢复安稳。百姓们欢天喜地，纷纷自发为大军送水送粮、引路搭桥，口中不停称颂着靖王的英明。
清剿南方残势的同时，林渊也同步推进南方吏治的整肃。他令靖王府暗卫与朝中御史台清廉官员组成十支巡查队，每队皆持尚方宝剑与皇帝亲批的谕旨，奔赴南方各州府，严查贪腐、徇私舞弊之事。巡查队所到之处，不徇私情、不畏权贵，凡贪墨钱粮、欺压百姓、勾结割据残势者，一律拿下问罪。
福州知府贪墨赈灾银两万两，被巡查队当场人赃并获，林渊得知后，下令流放边疆；广州通判为割据残势通风报信，收取贿赂，被查出后流放边疆，家产抄没，悉数分给当地受灾百姓；潮州知县为官清廉、政绩卓著，在百姓中威望极高，林渊下令将其连升三级，调任广州府尹，主理南方吏治整肃。
雷霆手段与恩宠嘉奖并举，南方各州府的官员人人自危，往日的贪腐之风瞬间收敛，不少贪腐官员主动上缴赃款、投案自首，请求宽大处理。林渊对主动认错、上缴赃款、愿戴罪立功者，从轻发落，令其赴边境修城、垦荒；对清廉正直、心系百姓者，予以提拔重用，树立官场典范。不过月余，南方吏治便焕然一新，官场风气清正，百姓们终于能过上安稳日
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