卸责任，孙綝归罪于大都督朱异，将其杀害。其他一些参战的将领，因为害怕被孙綝杀死，纷纷投降了曹魏。孙亮对孙綝这种救援不成反诛大将的行为极为愤怒，派人多次责难孙綝。孙綝大为恐惧，回到建业后，一直称病不肯上朝。为了自保，他在朱雀桥南边修建宫室，并命令其弟威远将军孙据负责宿卫宫禁苍龙门，弟武卫将军孙恩、偏将军孙干、长水校尉孙闿分别驻守各个营地，试图以此来控制朝政，巩固自己的地位。
太平三年（258年），孙亮下诏复封异母兄孙奋为章安侯。诏书中写道："齐王孙奋，之前因为杀官吏，被废为庶人，如今赦令连连下发，却唯独不见对他的恢复。就算不适合王爵，也可以改封侯爵，各位宗室都担任将领镇守江边，为何独独让我的兄弟如此呢？”朝中大臣们商议后，认为此举可行，于是改封孙奋为章安侯。
随着时间的推移，孙亮与孙綝之间的矛盾愈发尖锐，已到了不可调和的地步。孙亮暗中与全公主孙鲁班、太常全尚、将军刘承谋划，准备诛杀孙綝，夺回属于自己的权力。孙亮召来全尚之子、黄门侍郎全纪，严肃地对他说：“孙綝极其凶恶且专权跋扈，根本不把我放在眼里。我下诏命令他救援唐咨，他却毫无动作，反而将责任推卸给朱异。他随意滥杀有功的臣子，却从不上表告知我。现在又在朱雀桥南修筑宅邸，不来朝见我。如此肆意妄为，我实在难以长久忍受。现在我打算逮捕他。你父亲现在是中军都督，让他整顿好兵马。到时候我亲自率领宿卫虎骑、左右无难等亲卫军队围困孙綝，再以诏书让他束手就擒。你回去后务必告诉你的父亲，只是千万不要让你母亲知晓此事。女人既不明白国家大事，而且她又是孙綝的堂姐，一旦见面怕是会泄露军情，这可就耽误大事了。”
全纪领命而去。然而，全尚谋事不密，竟然真的将此事告诉了妻子，结果妻子立刻将消息告发给了孙綝。孙綝得知后，连夜率领部曲抓捕了全尚，派其弟孙恩杀死刘承，乘夜发兵前往皇宫，准备废黜孙亮。天明时，孙綝的军队已将皇宫团团围住。孙亮得知消息后，大怒不已，他上马带鞬执弓欲出，大声说道：“孤是先帝的嫡子，在位已有五年，谁敢不服从？！” 侍中近臣及乳母等见状，一起上前拉住孙亮。孙亮最终不得出，悲愤交加的他，哀叹两日不进食，并责备全皇后道："你父亲如此昏庸，几乎坏了国家大事！“ 又召来她兄弟全纪，全纪羞愧地说：“我父亲奉诏不慎，辜负了陛下，我没有脸面再见圣上了。” 说罢，便自杀身亡。
但据《三国志》记
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