出征，大破武陵蛮叛军，斩杀其首领，彻底平定了叛乱。
永元十三年（101年）十二月，巫蛮部落起兵反叛，攻打南郡。永元十四年（102年）四月，刘肇派遣使者都督荆州兵马，前往南郡征讨巫蛮叛军。汉军兵威赫赫，巫蛮叛军难以抵挡，最终被迫投降，南郡的叛乱得以平息。
此外，永元十二年（100年）四月，日南郡象林县的“蛮夷”部族两千余人发动叛乱，侵扰当地百姓，焚毁官府衙署，地方秩序大乱。郡县官吏迅速组织兵马前往讨击，斩杀叛军统帅，其余部众见大势已去，纷纷归降。
为了防范象林县的蛮夷再度叛乱，永元十四年（102年）五月，刘肇下诏设置象林将兵长史一职，专门负责镇守象林县，防备蛮夷侵扰，南方边疆的安定自此有了更为可靠的保障。