德太后去世之后，梁家之人终于敢将当年的真相奏明朝廷，为含冤而死的梁贵人讨一个公道。直到此时，刘肇才终于知晓了自己的身世之谜，明白了自己的亲生母亲并非章德太后，而是那位早逝的梁贵人。
在如何安置章德太后的身后之事上，朝堂之上再度引发了一场激烈的争论。三公大臣联名上奏，提出：“请依光武帝黜吕太后故事，贬章德太后尊号，不宜合葬先帝。”他们认为，章德太后当年专权跋扈，残害忠良，甚至谋害了刘肇的生母梁贵人，理应剥夺其尊号，不准与汉章帝合葬。然而，刘肇却念及章德太后对自己的养育之恩。自襁褓之中起，他便被章德太后收养，太后虽有诸多过错，却也曾悉心照料他的衣食起居，将他扶上太子之位。思及此，刘肇感慨万千，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应因为太后的过错，便将其养育之恩全然抹杀。最终，他力排众议，不仅没有降黜章德太后的尊号，反而追谥其为章德皇后，准许她与汉章帝合葬。与此同时，刘肇还对自己的生母梁贵人、以及同样遭受冤屈的宋贵人的后事，作出了妥善安置，追封梁贵人为皇太后，为其平反昭雪，以告慰其在天之灵。
在经济民生方面，刘肇更是将体恤百姓疾苦的理念贯彻到了实处。他多次下诏，命令各地官府开仓放粮，赈济遭受水旱灾害的灾民，妥善安置流离失所的流民；同时还屡屡减免百姓的赋税，减轻民众的负担。他深知农业乃是国之根本，因此多次告诫地方官吏，务必督促百姓农桑，勿违农时，以保证农业生产能够顺利进行。在刘肇的勤勉治理之下，东汉王朝的经济得到了空前的发展。到永元十七年（105年），全国的垦田面积达到了七百三十二万多顷，创下了东汉一代的最高纪录；户籍人口更是增长到了五千三百二十五万多人，呈现出一片国泰民安的盛世景象。
永元五年（93年）二月，刘肇得知，去年秋季各地的小麦收成欠佳，百姓家中粮食匮乏，心中忧虑不已。他当即下诏，要求各郡国详细上报境内贫困到无法自给自足的户口人数，以便朝廷精准施策，予以救济。同时，他还在诏书中严厉指出：“以前郡国上报的贫民，用衣鞋和炊具当饭钱，而豪强却以此谋利。”原来，此前有些地方的豪强地主，趁着贫民无粮可食之际，巧取豪夺，用极低的价格收购贫民的衣物、炊具等基本生活物资，借此压榨百姓，中饱私囊。刘肇得知此事后，怒不可遏，当即下旨查办这些为富不仁的豪强。他还严令规定：如果有郡国长官不能以身作则，亲自督促农业生产，反而肆意骚扰百姓，加重民众负担，若
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