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与对待外戚、宗室的制衡之策不同，刘庄对朝中百官的治理，素来以严苛著称。他深知，父亲光武帝刘秀雄才大略，凭借着开国帝王的赫赫威望，施政时对大臣多有宽容，群臣也因敬畏而不敢有丝毫僭越。可自己继位之后，威望尚不及先帝，若一味效仿宽仁之政，恐怕难以驾驭那些资历深厚的老臣。故此，刘庄一反光武朝的宽松之风，对百官采取了极为严苛的管控之法，其严苛程度，在两汉诸帝中都实属罕见。他甚至不惜打破先例，对九卿这样的朝廷重臣施以鞭杖之刑，开创了帝王杖责大臣的先河，以此震慑百官，整肃朝纲。
一日，刘庄曾下诏，赐予前来归降的胡人十匹缣帛，这本是一件惠及外族的小事。可尚书台的官员在执行诏令时，却因一时疏忽，将诏书中的“十匹”误读为“百匹”，白白多付出了十倍的物资。此事传到刘庄耳中，龙颜大怒，当即下令召集尚书郎，准备以失职之罪对其施以杖责。就在此时，尚书仆射钟离意匆匆赶来，他跪倒在明帝面前，叩首进言：“人非圣贤，孰能无过。若说此事是因懈怠轻慢所致，臣身为尚书台长官，官职更高，罪责更重；尚书郎官微职小，过错较轻，理应先责罚臣才是。”说罢，钟离意便脱下朝服，甘愿俯首受刑。刘庄见钟离意如此敢于担当，心中的怒火渐渐平息，也明白了他的良苦用心，最终赦免了尚书郎的罪责，只对其稍加惩戒便作罢。
尽管刘庄偶尔也会因大臣的担当而网开一面，但他生性褊狭苛察的性格，却始终未曾改变。他常常派遣耳目，暗中监察百官的言行举止，哪怕是些许隐私之事，也难逃其眼线的探听。一旦发现官员有任何不妥之处，便会严加追责。正因如此，朝中的公卿大臣时常因些许小事而遭到弹劾诋毁，就连皇帝身边的近臣，以及尚书以下的各级官员，也常常被当众呵斥、提拽问责，一时间朝堂之上人人自危。
有一次，尚书郎药崧因言语不慎触怒了刘庄。盛怒之下的明帝，竟亲自抡起木棍，要当场责打药崧。药崧吓得慌忙躲到床底，不敢出来。刘庄见状，怒火更盛，手持木棍立于床边，厉声呵斥：“出来！快出来！”躲在床底的药崧，情急之下高声喊道：“臣听闻天子之仪，穆穆威严，诸侯之礼，煌煌庄重，从未听说过身为君主，竟要亲自起身追打郎官的道理！”这番话掷地有声，刘庄听罢，愣了片刻，随即幡然醒悟，自己的举动确实有失帝王体统，于是便放下木棍，饶过了药崧。此事传开之后，满朝文武无不心惊胆战，从此之后，群臣处理政务时，无不兢兢业业，不敢有丝毫懈怠，生
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