。天凤五年（公元18年），琅琊人樊崇率领百余人在莒县（今山东莒县）起义，由于他为人勇猛善战，且对部下纪律要求严格（规定“杀人者死，伤人者偿创”），很快便吸引了周边地区的起义军前来归附。随着规模的扩大，为了在战斗中区分敌我，樊崇命令部下将眉毛染成红色，因此这支起义军被称为“赤眉军”。赤眉军最初以打击官府、劫掠粮食为主要目标，后来逐渐发展成为有组织的军事力量，人数最多时达到数十万，活跃于青州（今山东东北部）、徐州、兖州（今山东西南部）一带，多次击败新朝的精锐军队。与绿林军不同，赤眉军最初并未拥立刘氏后裔，而是保持着较为朴素的农民起义特质，后来在与绿林军的互动中，才拥立刘氏后裔刘盆子为帝，成为推翻新朝政权的另一支核心力量。
绿林军与赤眉军的崛起，标志着新朝末年的农民起义进入了新阶段。这两支队伍不仅规模庞大、战斗力强，还逐渐形成了明确的政治目标（推翻王莽、恢复刘氏政权或建立新的统治秩序），它们相互配合、南北呼应，最终成为了摧毁新莽政权的主要力量，也为后来东汉王朝的建立奠定了基础。