隔绝，不仅让卫皇后和太子心急如焚，更让外界开始猜测太子与汉武帝之间是否产生了矛盾，为江充的陷害创造了有利条件。
七月，汉武帝病情愈发严重，对江充的信任也达到了顶峰。他任命江充为“绣衣使者”，赋予其全权惩治巫蛊之事的权力。江充手持汉武帝的诏书，在长安城内大肆搜查，一时间，长安城内人心惶惶，无数无辜百姓因被诬陷牵涉巫蛊而家破人亡。而江充的最终目标，始终是太子刘据。他带着人直奔太**，声称在太**中挖出了用于诅咒的桐木人，以此作为太子行巫蛊之术的“铁证”。
面对江充的诬陷，太子刘据百口莫辩。他深知此时汉武帝病重，消息隔绝，若不设法自保，必将重蹈公孙贺、卫伉的覆辙。在与少傅石德商议后，太子决定起兵反抗。他假传圣旨，调动宫廷卫队，抓捕江充及其党羽。江充被太子斩杀，可他的同伙案道侯韩说、宦官中常侍苏文等人却趁机逃脱，并迅速前往甘泉宫，向汉武帝诬告太子谋反。
汉武帝起初并不相信太子会谋反，认为是江充逼迫太子所致，便派使者前往长安探查情况。可使者因惧怕太子的军队，未敢进城，便返回甘泉宫谎称太子确实谋反，且已控制长安。汉武帝闻言大怒，下令调动军队镇压太子。太子率领的宫廷卫队与汉武帝派来的军队在长安城内展开激战，双方厮杀数日，最终太子因兵力不敌而兵败。庚寅日那天，太子带着自己的两个幼子逃出长安，而卫皇后得知太子兵败后，深知自己已无生路，便在宫中自尽身亡，以死明志。
八月，太子刘据逃至湖县（今河南省灵宝市西北），躲藏在一户农户家中。可没过多久，太子的行踪便被官府发现。官府派兵包围了农户家，太子深知自己无法逃脱，为避免被捕后受辱，便在屋内自尽。而他的两个幼子，也未能逃过一劫，被前来抓捕的士兵杀害。
与此同时，长安城内的屠杀仍在继续。太子的家族成员成为了重点清算对象：刘病已的祖母史良娣（太子刘据之妃）、父亲史皇孙刘进、母亲王翁须（刘进之妻）以及姑姑（皇女孙，刘据之女），皆在长安城内被处死。太子府中的姬妾（家人子）和门客，也尽数被牵连诛杀。一时间，太子一系几乎被斩尽杀绝，唯有尚在襁褓之中的刘病已，因年纪太小，被执法者暂时放过，收押在郡国设在长安的府邸中临时设置的官狱里，侥幸保住了一命。
巫蛊之祸爆发后，朝廷急需有能力的官员处理案件后续事宜，丙吉（也作邴吉）便是在此时被征召入京。丙吉原本担任廷尉监，以公正执法、为
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