都后不久，正式将奄地定为新都，试图以此为起点，重塑商朝的统治秩序。
然而，迁都并未从根本上解决商朝的危机，反而加剧了王朝的衰败。在政治领域，“祖丁派”贵族并未因南庚迁都而放弃反抗，他们在庇地保留了部分势力，与奄地的南庚政权形成对峙，甚至暗中联络不满南庚的诸侯，试图推翻其统治；奄地的本地贵族也对南庚的“外来政权”心存警惕，不愿全力配合，导致朝堂内部的权力斗争愈发激烈，政令推行更加困难。
在经济领域，迁都后的商朝陷入了更深的困境。农业方面，奄地虽土地肥沃，但由于迁都导致的劳动力流失与水利设施不完善，粮食产量未能达到预期，反而因“祖丁派”贵族控制了庇地的粮食主产区，商朝的粮食供应更加紧张；商业方面，迁都中断了庇地与周边地区的商业联系，而奄地的商业网络尚未建立，导致商品流通停滞，市场萧条，王室财政收入进一步下降；手工业方面，部分青铜作坊与纺织作坊因工匠逃亡而停产，手工业品产量锐减，甚至无法满足王室祭祀与军事的基本需求。
在对外关系与军事领域，南庚面临着“内忧未平、外患又至”的局面。东部的东夷部落（如蓝夷、班方的残余势力）见商朝内部动荡，再次发起袭扰，掠夺奄地周边的农田与村庄；西部的羌部落也趁机扩张，袭扰商朝西部边境；为应对外部威胁，同时为转移内部矛盾，南庚决定发动对杞龙戎的战争。杞龙戎是当时北方的一个游牧部落，长期袭扰商朝北部边境，掠夺粮食与奴隶。南庚派遣军队征讨杞龙戎，虽取得了小规模胜利，暂时遏制了杞龙戎的袭扰，但这场战争也消耗了商朝本就有限的军事力量，导致对东夷与羌部落的防御更加薄弱。
关于南庚的在位年限，史料记载同样存在差异：《今本竹书纪年》称其“在位六年”，而《太平御览》引《史记》残篇则记载为“在位二十九年”。结合甲骨文卜辞中“南庚年祀”的记录（卜辞中提及南庚时期的祭祀活动最多延续至“六年”），现代史学界更倾向于“六年说”。在统治六年（或二十九年）后，南庚的统治走到了尽头——主流史料记载其“因病去世”，安葬于狄泉（今河南洛阳东北，一说为商朝王室陵墓区的通用名称）；而甲骨文卜辞（如《屯南》2384）则有“南庚退位，居于奄地”的记载，推测他可能因内部压力主动退位，且退位后活到了盘庚统治的中后段。这两种说法虽存在差异，但都反映了南庚统治的“艰难与无奈”。
南庚去世（或退位）后，王位被其堂兄祖丁之子阳甲继
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