娲即位后，对官员体系进行了部分调整：封赏在洪水救灾、迁徙拓荒中立下大功的部族首领，罢免了一些懈怠失职的官员，使政权更加稳固。她还命令共工氏负责水利工程，祝融氏掌管火种与祭祀，句芒氏管理农耕与桑蚕，形成了分工明确的行政体系，推动社会持续发展。
但权力的更迭总会引发动荡。当时，共工氏部族居住在太行山区，经过多年繁衍已十分壮大，其首领自恃势力强盛，认为女娲作为女性，威望不足以号令天下，拒不服从指令，甚至企图自立为帝。
女娲得知后震怒，为维护部族统一，她下令火正祝融氏率领联军讨伐共工氏。这是华夏远古史上第一次大规模部落战争，双方在不周山（今甘肃酒泉一带）展开激战。最终，共工氏战败，其首领羞愤交加，撞向不周山而死（传说中“共工怒触不周山”便源于此），部族残部被迫向西迁徙，从此一蹶不振。
伏羲与女娲，这对传奇夫妇，以智慧和勇气共同开创了华夏文明的第一个高峰。他们发明创造、制定历法、建立制度、抵御灾难，为华夏民族的形成与发展奠定了坚实基础。因此，后世将他们视作华夏人民的共同始祖，每年都有无数人前往他们的故里祭拜，缅怀那段开启文明曙光的传奇岁月。