十月十一日，黎明。
吴三桂、李国翰率军出城突袭，先击溃张先璧部。随即引起连锁反应，张部溃兵冲乱其余明军阵型，相邻的王复臣部被清军包围，王复臣力战不降，无奈自尽殉国。
刘文秀大军大溃，随后又犯致命失误，其撤退时部分士兵砍断浮桥，导致大批后续明军撤退部队无法渡江，或战死或溺亡，损失惨重。
刘文秀仅率少数亲兵突围，其抚南王金印都被清军缴获，明军阵亡将领包括王复臣、姚之贞、张先轸等。
一时间，四川局势逆转。
十月十二日至十五日之间，刘文秀收拢溃兵约万人，随后整队从保宁退往成都，又命曹勋、侯天锡守成都。
十月下旬，清军乘胜追击，陆续收复顺庆、潼川等地，四川战局急转直下。
十一月初，得知保宁惨败后，孙可望立刻召回刘文秀，刘文秀部署好四川残部防御后只得返回贵州。
其后孙可望在贵阳召见刘文秀，当面斥责其“轻敌冒进、丧师辱国”之罪，借机削弱刘文秀势力，巩固自身地位。
随后孙可望正式解除刘文秀的军事指挥权，削去“抚南王”爵号，降为“奉国将军”防止刘文秀拥兵自重，威胁自己的话语权。
十二月初，孙可望趁势将刘文秀原部拆散，并分散编入其他将领麾下，核心部队被孙可望直接吸收，自此刘文秀的“刘系”军事集团被孙可望彻底瓦解。
十二月中旬，孙可望将刘文秀送往昆明闲住，并派人监视其行动，禁止与旧部联系。
本次四川保宁战败，主要还是刘文秀作为主帅轻敌冒进，误判清军实力，未将吴三桂放在眼里，一心只想毕其功于一役。
其又在战术决策上失误，拒绝王复臣集中兵力攻城的正确建议，坚持四面围城、分兵把口，导致兵力分散，被清军各个击破。
而张先璧部原为大明降将，与大西军嫡系配合不佳，也成为清军突破口。
还有就是缺乏预备队，刘文秀所有兵力投入攻城，无后备力量应对清军突袭，导致溃败后无法组织有效反击。
除此之外，还有后勤保障问题，四川地大人稀，遍地都需要防御，更需要从云贵千里迢迢送粮到四川维持大军消耗。
在这种后勤补给线太长，补给困难的情况下，也导致影响了决定刘文秀战略心态的重要因素。
所以刘文秀才会迫切的想要快速击败清军，收复四川全境，以此早些脱离后勤压力。
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